Die Anfänge von Kirche und Pfarrei Waldkirch liegen im dunkeln. Die erste geschichtliche Erwähnung Waldkirchs (Waldchirichun) in einer
Urkunde aus dem Jahre 879 beweist wohl die
Existenz einer Kirche schon im 9. Jahrhundert. Vermutlich war es ein einfacher Holzschopf mit einem Schindeldach, vorn ein schlichter Altar, ein Taufstein und die Kanzel.
Bis zum 15. Jahrhundert begegnet man in alten Urkunden nur selten einem Pfarrherr von Waldkirch.
1243 wird ein Burchardus als Pfarrer von Waldkirch erwähnt.
Im Spätmittelalter sind bauliche Daten nur spärlich vorhanden.
Im Jahre 1487 stiftete alt Pfarrer Christian Bötscher die erste Kaplanei. Zahlreiche Vergabungen, Jahrzeitstiftungen und Vermächtnisse bereicherten zu jener Zeit das Kirchengut. Möglicherweise hat die Pfarr-kirche damals eine bauliche Veränderung erfahren, worauf die gefundenen Grundmauern des Chores und des Turmunterbaues mit Spuren gotischer Fenster hinweisen.
Im Jahre 1582 wurde die durch den Bildersturm und andere Folgen der Glaubensspaltung entweihte Pfarrkirche durch den Weihbischof Baltasar von Konstanz wieder eingeweiht.
1603 besass die Kirche vier Altäre.
1668 bis 1677 erfolgte eine umfassende Renovation. Aus dieser Zeit dürfte die Pietà in Freskomalerei stammen. Das Original findet sich hinter dem rechten Seitenaltar verdeckt. Eine Kopie wurde 1941 an die Längswand gegenüber der Kanzel angefertigt.
1674 wurde ein neuer Hochaltar aufgerichtet, zu dem Fürstabt Gallus von St. Gallen das Gemälde „Maria Krönung“ stiftete. Der Muttergottesaltar wurde
1677 vollendet und
1691 erfolgte die Aufstellung des dritten Altars, der früher St. Blasius-, dann aber Kreuzaltar genannt wurde. Das
1698 am Chorbogen angebrachte grosse Kruzifix war ein Werk von Fridolin Herzog, Bildhauer Rorschach.
In diese Zeitepoche fiel auch die Vollendung der St. Antoniuskapelle, die
1671 vom Bischof von Konstanz geweiht wurde.
Gegen Ende des 17. Jahrhunderts zählte Waldkirch gegen 1400 Katholiken. Deshalb baten die Waldkircher
1711 die äbtische Oberbehörde um Erlaubnis, die Kirche erweitern zu dürfen.
Das Bauvorhaben kam erst
1720 zur Ausführung. Architekt war der Pfarrer selbst, Pfarrer Johann Pfister (1676-1762). Das Bauprojekt sah vor, die nördliche Schiffwand um 16 Schuh (zirka 5,30 m) nach aussen zu schieben. Damit erreichte das Langhaus eine Breite von 50 Schuh (zirka 16,50 m). Da die Chorbreite blieb, entstand eine der südlichen Stirnwand entsprechende Fläche zur Aufstellung eines zweiten Seitenaltars. Gleichzeitig war vorgesehen, das Schiff um 22 Schuh (zirka 7,25 m) zu verlängern. Die Fundamente der alten Westwand verblieben als Auflager für die Emporenstützen. Ein wertvolles Stück ist die in diesen Jahren entstandene Kanzel aus Holz, versehen mit Intarsien, gewirbelten Säulchen, vergoldeten Figuren und Engelsköpfchen.
Wie schon so oft bot auch dieser Kirchenbau Anlass zu Zwistigkeiten. So mahnte der Abt
1722 in einem Mandat die Kirchgenossen, ihrer Pflicht nachzukommen, die angesetzten Arbeitstage und Fuhren zu leisten. Damals besorgten die Pfarreiangehörigen die Materialfuhren selber, leisteten Frondienst und verwendeten die alten Materialien so weit als möglich wieder. Pfarrer Pfister nahm vor der Vollendung des Baues seinen Abschied und liess sich am
27. Januar 1722 nach Bernhardzell wählen, behielt jedoch auf Bitten des Abts die Bauleitung. Die Glockenweihe vom
22. März 1725 bildete den Abschluss der Bauperiode.
Nach 60 Jahren, wurde wieder eine Innenrenovation fällig. Sie fiel in die Amtszeit des berühmten und mächtigen Paters Iso Walser, der als Offizial der Abtei waltete. Die Renovation von
1783 umfasste hauptsächlich: Ersatz der schadhaften Bretterdecke durch eine flache Gipstonne, Ausschmücken des Innenraums mit qualitätsvollen Stukkaturen, Erstellen der Deckenfresken mit Szenen aus dem Leben des Kirchenpatrons St. Blasius. Die Kartuschen wurden mit den Darstellungen der 12 Apostel geschmückt und im Chor traditionsgemäss das Abendmahl dargestellt. Ausserdem reparierte man die Fenster und errichtete
1783 eine neue Orgel.
1841 wurden Kuppel, Knopf und Kreuz auf dem Kirchturm vergoldet,
1844 die Kirchhofmauer erstellt und
1850 eine neue Orgel mit 20 Registern eingebaut, merkwürdigerweise erfolgte die Kollaudation erst
1857.
Beim Dorfbrand vom
12./13. Juli 1868 wurde auch das Pfarrhaus ein Raub der Flammen.
1889 erhielt die Pfarrkirche ein neues Geläute mit fünf Glocken, gegossen von der Firma Rüetschi, Aarau.
1893 beschlossen die Kirchbürger eine grosse Renovation. Der damaligen Denkweise entsprechend erfolgte sie nicht in restaurierendem Sinn, sondern im Geist der Erneuerung. Sowohl innen wie aussen passte man sich dem Neoklassizismus an. Der Hochaltar erfuhr einen rigorosen Umbau. Die barocken Hauptbilder der Altäre verschwanden und wurden durch zeitgenössische Nazarenerwerke ersetzt. Schliesslich übermalte man auch die Deckenfresken. Es ist erstaunlich, dass die Kanzel erhalten blieb.
1902 wurde auf der nordwestlichen Seite des Chores eine neue Sakristei erstellt.
Im Jahre 1906 hielt das elektrische Licht Einzug ins Gotteshaus, dem ein Jahr später die Orgelrenovation und die Neubestuhlung der Empore folgte.
Über 25 Jahre lang wurde dann die nächste Renovation vorbereitet, durch Sammlung finanzieller Mittel und lange Auseinandersetzungen um Umfang und Art der Totalrenovation. Diese wurde in den Kriegsjahren
1941 – 1942 durchgeführt. Architekt Hans Burkard ging behutsam ans Werk. Minutiös erforschte er den ursprünglichen Baubestand und hielt diesen planlich fest. Eine neuerliche Verlängerung des Schiffes um 7,5 m bedingte die Aufstockung des Turms um 2,5 m, um die Proportionen zu wahren. Im Innern gelang die Freilegung der Deckenfresken. Bei der Färbung der Stukkaturen hielt man sich an das „bewährte“ Kupfer-oxydgrün, und die Altäre erhielten eine eher neutrale Fassung im Typischen Caramelbraun jener Zeit. Hervorzuheben ist die Rettung der Fresken und der Wille, im Sinne der Erhaltung barocker Substanz zu restaurieren.
Die letzte Restaurierung datiert aus den Jahren
1989 – 1991. Das Äussere der Kirche wurde in konventioneller Art instandgestellt. Nach eingehenden Abklärungen konnte mit der Innenrestaurierung das ursprüngliche Farbklima von
1783 wieder hergestellt werden. Die Stukkaturen leuchten in einem Smalteblau. Die Deckenfresken bedurften einer Reinigung und vereinzelter Retuschen. Die Altäre erstrahlen in der ursprünglichen Marmorierung.
Das Chorbogenkreuz von
1698 hängt wieder an seinem ursprünglichen Ort. Ein schlicht gehaltener grauer Sandsteinboden rundet das Bild ab.
1991 erfolgte der Bau eines Friedhofgebäudes mit Aufbahrungsraum durch die Politische Gemeinde.
Im 2011 wurde die Pfarrkirche St. Blasius innen und aussen saniert und an den Wärmeverbund Waldkirch angeschlossen.